Mesquida asumió su puesto en 2006, cuando el ministro del Interior, Alfredo Pérez Rubalcaba, unificó en un mando único la dirección de la Guardia Civil y la Policía, medida que hizo desaparecer las direcciones de cada cuerpo.

Hasta entonces, había sido director general de la Guardia Civil, donde llegó en sustitución del general Carlos Gómez Arruche. Anteriormente, era director de Infraestructuras del Ministerio de Defensa.

Como militante socialista también fue diputado autonómico en las Islas Baleares. En su nuevo al frente de la Guardia Civil, su actividad estuvo principalmente centrada en el control de la inmigración.